todas estas preguntas deberían habértelas podido responder tu GU/planificador, si desde ese lado de repente se descarta la casa planificada hasta ahora.
Pero me pregunto por qué hacen eso por su cuenta, si tu plan ya estaba casi terminado o ya presentado en el ayuntamiento.
Por supuesto que no puedes simplemente añadir un sótano, porque eso implica condiciones/posibilidades totalmente nuevas/diferentes, no solo para las habitaciones, accesos, etc.
Entonces estarías prácticamente de nuevo en cero, lo que al final puede ser el mejor camino para tu planificación deseada; seguro que no será más barato y considero cuestionable que se construya un sótano simplemente y sin costes, además me interesaría todo el contexto relacionado.