Si lo he entendido bien, tenéis una solución intermedia entre un contrato general (GU) puro y una adjudicación individual. Se hace un contrato base con una empresa constructora, pero la facturación individual se realiza directamente entre el subcontratista y el promotor. Algo parecido me ofreció en su momento también una empresa constructora.
Si es así, la pregunta es, ¿fue la recepción entre vosotros y el jefe de obra o también entre vosotros y los "subs"? Lo primero indicaría que las facturas son correctas, lo segundo indicaría que las facturas deberían modificarse. Sin embargo, no conocemos la estructura del contrato.
Esto definitivamente ya no es una pregunta para aficionados en el foro. El asesoramiento legal en temas fiscales está reservado exclusivamente a profesiones que asesoran fiscalmente.
Si no consigues que modifiquen las facturas, desde mi punto de vista deberías acudir a un asesor fiscal o a un abogado especializado en derecho tributario. Dado que aquí probablemente no se trate de cantidades pequeñas, me puedo imaginar que el esfuerzo adicional podría valer la pena.