Si j'ai bien compris, vous avez une solution intermédiaire entre un maître d'œuvre pur et une attribution individuelle. On conclut un contrat de base avec une entreprise de construction, mais la facturation individuelle se fait directement entre le sous-traitant et le maître d'ouvrage. Une entreprise de construction m'avait également proposé quelque chose de similaire à l'époque.
Si c'est le cas, la question est de savoir si la réception a eu lieu entre vous et le conducteur de travaux ou également entre vous et les "subs". Le premier cas plaide en faveur de la validité des factures, le second indiquerait que les factures devraient être modifiées. Cependant, nous ne connaissons pas la rédaction du contrat.
Ce n'est définitivement plus une question pour des non-professionnels sur le forum. Le conseil juridique en matière fiscale est réservé aux professions de conseil fiscal.
Si vous ne parvenez pas à faire modifier les factures, à mon avis, vous devriez consulter un conseiller fiscal ou un avocat spécialisé en droit fiscal. Comme il ne s'agira probablement pas non plus de petites sommes pour vous, je pourrais imaginer que l'effort supplémentaire en vaudrait la peine.