Seulement une partie du permis de construire est-elle exécutoire ? Combien de temps le permis de construire est-il valable ?

Donc tu devrais au moins avoir une offre d’un maître d’œuvre, ou tu sais déjà combien coûtera ton projet ?

Si on corrige là où ça coince vraiment (escaliers sous-dimensionnés), alors il apparaîtra que cet agencement du volume du bâtiment (dans ces dimensions) ne réussira de toute façon pas. Je considère en général qu’un logement annexe de cette taille n’est pas souhaitable à concevoir justement sous forme de duplex – encore moins avec une utilisation adaptée aux personnes âgées. Si tu veux continuer à suivre ton idée de base, je te conseillerais donc d’envisager d’abord un changement fondamental concernant l’agencement du bâtiment : vers un logement annexe entièrement au rez-de-chaussée et un logement principal sur les deux étages. On pourrait alors construire toute la surface au premier phasage et réaliser le premier étage soit en gros œuvre seulement soit en surélévation ultérieure (ce qui coûte aussi de l’argent, un gros œuvre enduit seulement à l’extérieur pourrait donc être plus économique). On pourrait utiliser la partie du rez-de-chaussée du futur logement principal comme logement annexe loué à l’étape à un seul niveau (plus tard séjour / vestiaire / WC invités ou zone enfants).

et n'aménage que 2-3 pièces à vivre (qu'on peut alors appeler appartement pour occupant secondaire ou pas).

tant qu'ils reçoivent les paiements. Ils n'ont certainement pas envie de commercialiser ma construction de cave

Pas "appelle", mais loue. Cette partie peut déjà suffire à rembourser.

Peut-être que la structure brute et la toiture suffiraient. On n’a pas forcément besoin des fenêtres et du chauffage si on n’habite pas là.
Sauf bien sûr pour le chauffage au sol, on pourrait l’installer mais le laisser éteint.
Mais là, je me ferais vraiment conseiller par un maître d’œuvre.

Donc, pour le logement annexe 150k et tu as ça ou dois financer ?

La banque ne te donnera strictement rien pour une structure brute en attendant de voir. Donc tu dois de toute façon finir et ne pas construire qu’en partie.
Si tu ne le fais pas et laisses une moitié de ruine ou en occupes une partie, la banque aura peu de garanties. Si tu ne peux alors pas offrir de garantie supplémentaire ou un remboursement partiel, ils vendront aux enchères. Peu importe ce qui doit être vendu. Ton sort importe peu à la banque. Ce qu’apporte la maison aussi.

Je veux habiter là et ensuite finir le reste.

Je retourne à la planche à dessin mentale et cela va probablement se limiter à des dimensions plus petites et une construction complète avec d'abord seulement l'aménagement de 2-3 pièces.