Ok, es decir, para mí como profano, ¿que este procedimiento es usual o correcto tanto en el sentido legal como técnico?
Así es, más que correcto, ¡es incluso ejemplar! Como dije, el error está 1. en ti, y 2. se puede solucionar con un simple y pequeño email de tu parte.
Y si el contratista general entonces dice que debo pagar la ampliación del área según el plano, ¿eso es absolutamente comprensible y justificable desde tu punto de vista?
Nadie más que tú ha provocado el conflicto (EH 40, calibre 425, muro estructural de piedra caliza arenisca – es decir, tres requisitos que solo pueden cumplirse dos a la vez), y por tanto está exclusivamente en tus manos resolverlo. Si decides colocar el aumento del espesor del muro hacia afuera o, de manera razonable, renunciar al uso de piedra caliza arenisca para el muro estructural, es tu elección. En hormigón celular puedes volver al calibre 425 (o posiblemente al 440, pero los uno coma cinco centímetros es mejor tomarlos desde adentro para mantener las medidas exteriores en las normas de construcción).