Impuesto sobre la adquisición de bienes raíces, ¿quién lo conoce?

¿Dónde estaría allí la diferencia? Excepto que se paga comisión de agencia...

¿Dónde está exactamente la diferencia en el impuesto de transmisión patrimonial si compramos un terreno a un particular o a través de un agente inmobiliario?

En cuanto al impuesto de transmisión patrimonial, no hay ninguna diferencia.

Porque encaja con el título del hilo:
¿Se puede descontar del precio de compra el jardín decorativo artísticamente diseñado, incluyendo el estanque y los peces, al comprar una casa unifamiliar con jardín para calcular el impuesto de transmisión patrimonial?

En cuanto al impuesto sobre la adquisición de bienes inmuebles, no hay diferencia en este caso.

Como encaja con el título del hilo:
¿Se puede descontar del precio de compra, para calcular el impuesto sobre la adquisición de bienes inmuebles, el jardín ornamental artísticamente diseñado con estanque y peces al comprar una casa unifamiliar con jardín?

Puedes deducir muchas cosas del precio de compra. Sin embargo, esto debe reflejarse en el precio de compra notarial (por ejemplo, en la última casa dedujimos la cocina y la hicimos pagar por separado a nuestros compradores). Pero para el banco financiador (y para ti) esto tiene la desventaja de que un precio de compra más bajo también se refleja en un valor de préstamo y un valor de mercado más bajos (posiblemente peores condiciones debido a un mayor riesgo).

Lo siento por la pregunta tonta, pero ¿cuál es exactamente la diferencia en el impuesto sobre la adquisición de inmuebles, si compramos un terreno de un particular o a través de un agente inmobiliario?

Hay una diferencia entre comprar de un particular y luego construir una casa en ese terreno, o comprar el terreno y la construcción de la casa directamente de una misma fuente (promotor).
En el primer caso, se paga el impuesto solo sobre el terreno, en el segundo caso sobre el terreno y la casa. Eso es considerablemente más.

Pero de alguna manera no se refería a la pregunta concreta. Mientras no haya una declaración allí, es como buscar en la oscuridad qué pretende el OP con la pregunta.