El plan de pagos está más o menos bien o claramente se puede optimizar

No diría eso de manera tan absoluta. Algunos GUs están bastante abiertos a ajustes, para otros está "grabado en piedra". Por lo tanto, solo ayuda coordinarse con el GU y presentar sus argumentos. El contrato probablemente tampoco se firmará ante notario, por lo que basta con que el GU acepte los cambios.

De cualquier manera, yo ya consideraría mentalmente el impuesto sobre la adquisición de bienes inmuebles tanto para el terreno como para la casa en las circunstancias descritas.

El terreno está registrado a nombre de otra persona completamente diferente. Incluso fui yo quien se dio cuenta del propietario del terreno antes que el proveedor de la casa.

Créelo o no: a la Agencia Tributaria no le importa si la misma persona/empresa que vende el terreno es la que también construye. Siempre que exista una relación obligatoria entre la compra y la elección del contratista, estarán pendientes de ello. Al respecto, hay bastante información en el foro, y la Agencia Tributaria, contrariamente a la creencia popular, no es tonta.

¿Puedes enviarme el enlace del [Thread]?

La búsqueda aquí en el foro con los términos "Grundsteuer" "Bauträger" ayuda.
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Una contribución especial de los resultados:
https://www.hausbau-forum.de/threads/erst-Grundstück-oder-bv.13994/#post-108356

Ahí podría enfadarme sin fin otra vez, sobre por qué fiscalmente importa si dejo que otra empresa construya la casa o la que me vendió el terreno. Pero lamentablemente ese enfado no sirve de nada...