El contratista quiere emitir una factura por servicios de planificación

¿Quizás sea dudoso nuevamente si, por ejemplo, el empresario mencionado fuera al mismo tiempo arquitecto?

Si el empresario es al mismo tiempo arquitecto, eso no cambia nada, siempre que busque un contrato como contratista de construcción.
Un contrato de planificación según la HOAI es algo completamente diferente.