¿No se podría hacer la encimera en el hueco de la ventana más "delgada" desde abajo, por así decirlo? ¿Entiendes a lo que me refiero?
Una opción sencilla sería poner material para nichos, que no es tan grueso, en el hueco de la ventana. Entonces habría una junta. Aunque las juntas en encimeras de laminado son relativamente invisibles. La desventaja sería que, dependiendo del material, una veta, etc., no continúa de forma continua. Por eso primero intentaría seguir el "método de adelgazamiento".
EDIT:
¿Y por qué las elevaciones del zócalo solo son posibles en saltos de 6 cm?