Le maître d'œuvre principal a apparemment un contrat forfaitaire à prix fixe. C’est-à-dire qu’il doit construire le bâtiment conformément aux règles de l’art reconnues et le chiffrer en conséquence. De tels changements dans les détails surviennent. Au final, c’est le risque entrepreneurial du maître d'œuvre principal.
Je doute fortement que ce soit le cas. Aucune entreprise ne rédige des clauses de manière à se désavantager elle-même. Le maître d'œuvre principal doit au client une maison conformément au cahier des charges et pas plus. Il doit forcément être indiqué à 100 % que le prix ne s’applique que tant que rien ne doit être modifié par rapport au cahier des charges. Le maître d'œuvre principal ne peut pas prévoir toutes les éventualités car il ne peut pas savoir quelles sont les conditions du terrain. Sauf bien sûr si l'étude de sol a été réalisée au préalable et fait partie du contrat. Dans ce cas, le maître d'œuvre principal savait à quoi s’attendre et, par conséquent, ce supplément de prix ne serait pas justifié.
La meilleure approche serait probablement une discussion directe avec le conducteur de travaux ou une personne similaire. Comme tu donnes si peu d’informations, il est difficile de donner des conseils. Avant la remise des travaux, on pourrait par exemple laisser filtrer que tu vas contester chaque petite imperfection (un décalage de carreaux de 0,5 mm au-dessus de la tolérance: remplacement et autres bêtises) et demander une solution raisonnable.
Une solution raisonnable serait que l’entreprise de construction ne te facture que le prix des matériaux (probablement environ 1000 €) pour avoir mal géré la procédure habituelle (le contrat...). Sinon, tu peux envisager une longue bataille juridique (tu n’as pas commandé cela...), à laquelle ils n’ont absolument pas envie de se confronter.
Dans l’ensemble, les chances sont assez bonnes que tu obtiennes une facture nettement réduite.