Le plan d'étage s'avère mauvais pendant la construction du gros œuvre

D'abord, félicitations de ma part, que vous puissiez/ayez la permission de construire.
Je pense aussi qu’on ne peut jamais construire la maison « parfaite », car au moins deux personnes interviennent généralement, ce qui implique nécessairement des compromis.
Vous pourrez aussi beaucoup décider par les couleurs et le mobilier ;)

Mais une chose me frappe tout de suite.
Vous avez 1 bureau et trois ! chambres d’enfants.
Combien d’enfants avez-vous actuellement ?
Parce que vos cloisons sèches de 10 cm !? à l’étage ne sont pas idéales pour une famille nombreuse.
Un « luxe » ou une qualité de vie perceptible ne se résume pas aux fenêtres, mais aussi au bruit.

Si les enfants ne sont que prévus pour l’instant, demandez-vous si vous aurez besoin de place pour au maximum 4 ! enfants. Il faut aussi les remplir de vie, ces pièces. Plusieurs de nos collègues ont freiné après le premier enfant et se retrouvent maintenant avec 3 pièces supplémentaires.
Ici vous pouvez économiser de l’argent et créer de l’espace habitable, ou bien assouplir votre division un peu étroite à l’étage.

Ça va le faire ;)

Tout allait bien jusqu'à ce que le plafond EG soit posé.

que le soir, sur le mur où nous n'avons pas de fenêtres, il y ait quand même beaucoup de lumière qui entre et je regrette vraiment de ne pas avoir mis les fenêtres aussi du côté droit.

Cela passera dès que le plafond sera peint en blanc. Ton chagrin est la dépression postnatale habituelle des maîtres d'œuvre, et dans le cas présent, à mon avis, objectivement sans constat. Lors de l'inauguration de la maison, tu pourras en rire. Je ne vois pas de nécessité d'agir de toute urgence ici.