*-L'eau est toujours plus agréable que l'air comme vecteur thermique et une pompe à chaleur eau-eau n'est en réalité jamais moins efficace, le seul inconvénient étant que la pose du chauffage au sol est un peu plus chère que celle des gaines d'air (que l'on a de toute façon déjà à cause de la ventilation contrôlée du logement). C'est donc plutôt une idée des promoteurs immobiliers pour réduire les coûts que quelque chose visant à augmenter le confort. Un autre avantage du chauffage au sol est qu'en principe on peut plus facilement changer le système de chauffage - donc installer/ajouter un chauffage complètement différent qui chauffe alors l'eau.
Par ailleurs, une séparation chauffage - ventilation présente aussi l'avantage de séparer les appareils (en cas de panne, configuration par exemple).
Si on organise une fête et qu'on a besoin de plus de ventilation, avec une séparation des appareils on n'a par exemple aucune influence sur le système de chauffage.
Sinon, je n'utiliserais une pompe à chaleur à extraction d'air qu'en complément pour la production d'eau chaude sanitaire, jamais pour le chauffage. En effet, un échangeur thermique (échangeur d'enthalpie) peut récupérer une grande partie de la chaleur et de l'humidité, et ce sans grands frais.
L'énergie manquante ne pourra alors jamais être extraite de l'air vicié par la pompe à chaleur en cas de temps trop froid.
Chez moi, avec ventilation contrôlée du logement + échangeur d'enthalpie et pompe à chaleur eau-eau, pour environ 190 m² de surface chauffée et ~60 m² de caves non chauffées (mais dans l'enveloppe isolée, donc la température ne descend jamais vraiment bas à cause de la transmission thermique, minimum 17-18°), ma consommation d'énergie annuelle pour chauffage ET eau chaude sanitaire est d'environ 1600 kWh. Le standard énergétique est d'ailleurs selon la réglementation énergétique actuelle le minimum, il me semble (anciennement KfW 70 selon l’ordonnance sur l’économie d’énergie de 2009).