¿Está mal conectado el sistema de ventilación?

Contra el aire seco podría ayudar un recuperador de humedad, como módulo adicional para la ventilación controlada de viviendas. Algunos fabricantes lo ofrecen como opción.

Con un Smoke-Pen inspeccioné las conductos de ventilación en la casa.

¿A qué te refieres con conductos? En las válvulas se debería poder determinar la dirección del flujo sin herramientas adicionales, solo con la mano desnuda (es decir, si es aire de alimentación o de extracción).

El jefe de obra dijo al principio que en las habitaciones húmedas (baño y cocina) se extrae el aire y en todas las demás se suministra aire fresco.

Esto no es incorrecto, pero podría provocar flujos de sobrepresión considerables y, por lo tanto, grandes flujos de volumen en baño y cocina. ¿Tienes planos o documentación de planificación?

Extracción: cuarto de invitados (planta alta), oficina (planta alta), galería (planta alta), vestidor (planta alta), cuarto de servicios (planta baja). Alimentación: dormitorio (planta alta), baño (planta alta), baño (planta baja), sala de estar 3x (planta baja), cocina (planta baja). ¿Es correcto?

En mi opinión, lo correcto sería:
Alimentación: cuarto de invitados, oficina, dormitorio, sala de estar
Extracción: vestidor, cuarto de servicios, baño, cocina
La galería podría entenderse como pasillo, por lo general es área de sobrepresión.

Como está en vuestro caso, es deficiente. Lo reportaría como un defecto. Si no tienes documentación de planificación, solicita acceso a ella (dependiendo del contrato puede que incluso puedas exigir la entrega, no lo sé...).

Si tienes la documentación de planificación, balancea los flujos de volumen de entrada y salida.

Por ahora, desconectaría el sistema, observaría la humedad del aire, ventilaría manualmente según necesidad y observaría si mejoran los dolores de cabeza y enrojecimientos de ojos (¡llevar un diario!).

No hemos solicitado [KFW]. Voy a llamar a la empresa.

¿Es una instalación de ventilación centralizada o descentralizada? Supongo que es centralizada, ya que de otro modo no se podría hacer mucho. Para mí suena como si alguien en el cuarto de servicio hubiera conectado las dos tomas al revés. O que la rueda de paletas gira al revés ^^

Aunque la instalación de ventilación funcione al revés, casi no cambia el clima interior. El caudal de aire es teóricamente casi igual de alto al revés que al derecho. Una instalación de ventilación seca la casa y eso provoca enrojecimiento de los ojos, irritación de la garganta, etc. Podríais bajar un poco la ventilación y ver si la humedad sube un poco. Normalmente también se puede automatizar y, por ejemplo, hacer que funcione más fuerte durante las duchas y bajar el resto del día.

Se puede ver si el aire entra o sale de la habitación por la puerta. Las puertas nuevas son tan fáciles de mover que la corriente de aire las mueve con ella. En el baño, nuestra puerta siempre se abre hacia adentro (se jala hacia el baño). Si la puerta está enganchada en el pestillo, claro que no pasa nada...

las puertas nuevas son tan livianas que la corriente de aire se lleva la puerta cada vez.

Aquí no, eso nunca lo habría esperado en mi vida. Aproximadamente 30 m³/h a través de una puerta abierta (0,5 m por 1,8 m) resulta en una velocidad menor a 0,01 m/s. Típicamente, el aire también se canaliza por debajo de la puerta a través de una rendija un poco más grande y los habitantes pueden abrir la puerta sin esfuerzo. ¡Tus puertas evidentemente son muy livianas!

Hmm sí, nuestras puertas también se quedan en la posición en la que las dejaste.