¿Qué hacer si se ha instalado una chimenea incorrecta?

El horno ya fue aprobado y funciona con la compuerta de entrada de aire abierta.
¿Dónde está el problema ahora?

Si se refiere con "compuerta" a la compuerta de servicio, no todo está bien. Esta no está destinada para el aire fresco, sino para el deshollinador. Esta debería estar cerrada durante el funcionamiento.
Tampoco una puerta de chimenea abierta es adecuada para el funcionamiento continuo.

Pero si por casualidad el horno realmente tiene una compuerta de entrada de aire, la situación es diferente.

Tienes razón, , el horno debe tener una puerta propia. Si no es así, la propuesta de solución para el promotor es proporcionar otro horno.

deberías proceder de otra manera:

A: Acordar las cosas solo por escrito
B: El contratista de construcción y/o su proveedor de materiales deberían ofrecerte un reembolso ya que la estufa "está así" y no puede ser operada correctamente; seguramente sería posible que coloques una estufa más pequeña donde el tubo instalado sea suficiente.
C: El deshollinador debe demostrar por escrito que la estufa funciona o no funciona

No tienen una ventilación controlada de aire interior (sistema de ventilación), ¿verdad?

No soy un experto en chimeneas y estufas. Pero si la estufa debe funcionar con aire de suministro a través de la chimenea, esta también debe tener una conexión a la chimenea, ¿tiene la estufa esta conexión? Si no, funciona con aire de suministro del ambiente, entonces creo que simplemente no coincide el tiro de tu chimenea. Lo que también explicaría por qué funciona al abrir la trampilla de servicio.