El aislamiento se dañó debido a trabajos de excavación. ¿Es grave?

Si hay una piedra grande entre medio y la aislación se comprime, se anula el efecto.
Lo correcto sería retirar la membrana con nódulos una vez y revisarla, pero probablemente nadie acepte hacerlo.

Pero solo en un lugar. Eso sería soportable. Pero si son varios lugares, podrían aparecer zonas húmedas en el sótano.

Además, se colocó una capa de lámina corrugada sobre el aislamiento perimetral. Esta se fijó en ciertos puntos al aislamiento perimetral. ¿Así está bien? La consecuencia ahora es que muchas piedras cayeron entre el aislamiento perimetral y la lámina corrugada durante los trabajos con la excavadora. ¿Es grave?

Lo entendí así, que en varios lugares cayeron piedras... el autor de la pregunta debería aclarar si las piedras están solo en un lugar o por todas partes.

Entendí que en varios lugares cayeron piedras... el OP debería aclarar si sólo están en un lugar o en todos lados

No en todos los lugares, sino dispersas en varios sitios. Donde el operador de la excavadora no trabajó bien.

Además, hay daños directos en la membrana de superficie y el aislamiento. ¿Eso no es tan grave como las piedras?

No en todos los lugares, sino en varios puntos aislados. Donde el operador de la excavadora no trabajó con cuidado.

Además, están los daños directos a la lámina de puntos y al aislamiento. ¿Eso no es tan grave como las piedras?

La lámina de puntos es solo una protección mecánica. Si tiene daños aislados, no pasa nada. En cuanto al aislamiento, depende del tamaño. Si una piedra del tamaño de un puño está presionada ahí, la reemplazaría.
Debería haber hablado con el operador de la excavadora. Seguro que se pueden cortar los últimos 5 cm de tierra con una pala y no hace falta experimentar con la cuchara de la excavadora.