¿Colocar el zócalo justo después de poner las baldosas o después?

Colocar los rodapiés en cualquier caso de inmediato. Según el aislamiento utilizado y el grado de madurez del revestimiento (algunos colocan los revestimientos demasiado pronto) apenas tendrás grietas en las juntas de mantenimiento.

Y si las hay, entonces como dice Saruss, simplemente repararlas, ¿no? En muchos lugares después es difícil acceder y al fin y al cabo después de la fase de construcción ¿no quieres tenerlo bonito en algún sitio?

Bueno, no fue después de 2 años, sino al final del período de calefacción, es decir, en abril/mayo (entrada en febrero).

Tiene aún menos sentido

Ni siquiera quiero pensar en cuántos muebles, etc., tendrían que moverse, desplazarse y vaciarse para que eso pueda hacerse posteriormente. Ni qué decir de los lugares donde es difícil acceder a la junta (debajo del inodoro, lavabo + lavabo suspendido, por ejemplo)...

Ni siquiera quiero pensar en cuántos muebles, etc., tendrían que moverse, desplazarse y vaciarse para poder hacer eso posteriormente.

¡Así son las cosas! Con juntas agrietadas también hay que mover los muebles, solo que además se generan costos adicionales y trabajo artesanal.
Nuestro solado parecía haberse hundido medio centímetro, a pesar de estar bien seco.
En nuestra casa no solo las juntas se agrietaron, también en otro lugar se mantuvo, pero las baldosas del rodapié se despegaron. Pero por suerte eso está cubierto por la garantía...

¿Quieres escribir cómo lo reparaste? Según mi conocimiento, la silicona no adhiere sobre silicona.

En mi caso, la silicona se adhiere sobre silicona. La apliqué desde la lata sobre la grieta, después de haberla limpiado una vez con un paño. Luego pasé una vez una espátula de plástico, la humedecí, la alisé con el dedo, listo. Como dije, de más de 70 m de rodapié/junta, 30 cm de grieta. Todas las baldosas del rodapié están absolutamente en orden.