¿Sistema de elevación defectuoso, quién paga?

¿La estación de elevación estaba incluida en el suministro del GU?

Entonces le toca al contratista general cambiarlas, sí. Si al desmontar resulta que hay algo dentro que no debería estar, habrá que ver qué hacer.
La bomba de todos modos debe ser cambiada antes de que un día falle por completo.

Creo que tendrás que pagar todo, porque 1. después de la entrega de la casa la carga de la prueba recae sobre ti y 2. la garantía no cubre al 100% las partes giratorias/móviles. Si es otra cosa, tampoco podrás demostrar que ya estaba defectuosa en la entrega de la casa (al fin y al cabo funcionó durante 3 años).
Lamentablemente, tu mantenimiento no te ayudará, incluso si un día después, por ejemplo, la bomba de vaciado o el motor dejan de funcionar.

Solo puedes esperar un gesto de buena voluntad, pero no veo ninguna reclamación de garantía ahí.

2. no hay garantía al 100% para piezas giratorias/móviles.