Signification des hauteurs côté gouttière ?

Avec ce plan, je peux presque oublier un étage utilisable :/

Eh bien, tu dramatises un peu maintenant. La fixation de la hauteur du chéneau signifie ici en fait seulement qu’on ne souhaite pas de mur de soubassement. Alors, le rez-de-chaussée sera un peu plus grand et dans le grenier des pignons seront aménagés. Une « villa urbaine », bien sûr, tu peux oublier ça.

Puis-je déposer une demande de modification quelque part

Non – Enfin, politiquement d’une certaine manière oui, mais cela irait trop loin maintenant.

ou demander une dérogation ?

Oui. Avec la demande de permis de construire. Dérogation selon l’article 31 du Code de l’urbanisme. Cela doit être bien justifié, c’est pourquoi ton concepteur devrait y réfléchir un peu. Tu peux aussi jeter un œil dans le quartier pour voir s’il y a déjà quelques constructions existantes qui manifestement ne respectent pas le plan local d’urbanisme.
Mais si ton terrain ne présente pas de particularités (surface, situation, hauteur, géométrie, …), les chances sont généralement faibles.

Avec ce plan, je peux presque oublier un étage habitable :/

Hein ? Les autres maisons là-bas n'ont pas d'étage ?
Et si oui... n'est-il pas utilisable ou habitable ?