Ventana dañada y voladizo del techo

Sí, exactamente, en el contrato dice aproximadamente 20 cm.
Cuando se aplica el revestimiento, aproximadamente 2 cm, entonces quedo con 16 cm en lugar de 18 cm.

He añadido una foto de la ventana,
un poco más alejada. Uno es de 2 mm y el otro al lado de 1 mm.

¿Hay lápices especiales para retocar?

No te preocupes por los bolígrafos ni por cómo se corrigen exactamente esos errores, eso no es tu problema. Yo notificaría el defecto por escrito. Hasta la entrega de tu casa quizás aparezcan más imperfecciones, se hace el cálculo al final. Al final, yo en tu lugar insistiría en la reparación y si no se realiza a tu satisfacción, se retendrá una cantidad adecuada de la factura final :)