Chimenea de acero inoxidable, en la pared interior. ¿Conducción a través del techo de madera?

...Eso también hace que los costos se disparen.

Eso depende, como siempre, del caso particular. En realidad, no hay una solución más económica que un techo a dos aguas con vigas tipo estudio. Los tirantes inferiores forman el techo de vigas de madera. Muy bueno y económico para aislar. Además, se pueden acomodar cómodamente tuberías de mayor diámetro, por ejemplo, para ventilación.

... Nunca usamos esas fijaciones metálicas que se colocan entre las vigas... y ni siquiera sé por qué no...

Probablemente por los costos.