Con un crédito de 500k (y aparentemente necesitáis al menos esa cantidad) en mi opinión ya debería abonarse una cuota de 1800 EUR de forma permanente.
Si ahora se trata de ausencias a corto plazo (2 años de baja parental sin subsidio parental), para ese tiempo habría que haber acumulado un colchón de antemano. Si eso no es posible, no me sentiría cómodo con la financiación y sería demasiado arriesgado para mí.
Según tus cifras, tendríais casi 5500 EUR mensuales. Restando 1800 EUR de la cuota, os quedarían 3700 EUR para vivir + algo de colchón por tu bonificación. Debería ser suficiente para tres personas.
Un año de baja parental con el segundo hijo se presentaría más o menos así: tú 3k (+posible suplemento por hijo en el sector público?) + ella unos 1,5k de subsidio parental + 2x subsidio por hijo. Restando la cuota de 1,8 EUR quedarían unos 3k + algo de colchón por tu bonificación.
Realmente solo será crítico si tu esposa se queda en casa más de un año. Por lo demás, lo veo factible siempre que no caigáis en un consumo excesivo.
Reducir aún más la cuota de forma permanente lo veo peligroso. Un pago inicial saludable es de aproximadamente el 3%. Esto también supone un cierto ahorro obligatorio mediante la cuota que se descuenta automáticamente. Pero de forma permanente no lo haría con una amortización menor. Si te sientes más seguro así, simplemente acuerdas al menos 2 opciones de cambio de amortización en el crédito. Entonces podríais reducir la cuota durante un cierto tiempo transitorio y luego volver a aumentarla.