Si realmente es solo el esmalte y el agujero no atraviesa la cerámica en sí, técnicamente no debería ser un problema por ahora – no se va a escapar nada. Pero: sigue siendo un defecto, y especialmente en un WC nuevo yo ya pensaría si realmente quiero instalarlo así.
Por un lado: la garantía aplica claramente aquí, y tienes derecho a un producto sin fallos. Por otro lado: si más adelante entra humedad (p. ej. al limpiar o por condensación), con los años puede penetrar o acumular cal – no tiene que pasar, pero puede. Y estéticamente tampoco es muy bonito.
Si no te importa y necesitas la pieza rápido, probablemente esté bien. Pero si aún tienes margen: mejor cambiarlo.